中国科学院新疆生态与地理研究所成立于1998年7月7日，由中国科学院新疆生物土壤沙漠研究所(1961年成立)和中国科学院新疆地理研究所(1965年成立)合并而成。该研究所面向国际干旱区生态、环境、资源领域科技前沿，面向国家“丝绸之路经济带”建设重大需求，面向新疆社会稳定与长治久安主战场，围绕自然资源开发、生态修复、环境治理、生物多样性保育等方向开展研究 。